1、微生物乐鱼规划过程中首先需要考虑一个乐鱼的灵活性：每一个乐鱼都能有足够的空间来放置乐鱼家具及仪器设备。单独的空间还可以独立的安排它们各自的用途，应当在保证不影响相关乐鱼使用的情况下改变模块配置。

2、根据需求要考虑规划经济性：乐鱼必须考虑到人员操作方便，为人员工作以及配置方面进行有效的区域划分，从而避免了空间面积的浪费。

3、安排合理，有扩展性：乐鱼应建立在可增添结构的模块和可重复使用空间的基础上，能在不影响相关实验的情况之下进行必要的收缩和扩张。

4、乐鱼安全性：乐鱼内的区域配置需要按其潜在的危险程度来划分。烟雾防护罩和酸性物质以及易燃物质的储存位置和为生物安全仓分派的空间将被配置在较高危区即处于乐鱼后部(远离出口)。一定的空间和足够的废弃物通道将被用来为较高危险带形成第二层的防护。每个乐鱼的低危区将用来安排各种干燥台面活动比如放置写字桌、计算机和仪器等。潮湿台面活动则被安置在中危区。

5、乐鱼通畅性：乐鱼走道和出入口将提供简便的行动通道以及提供符合国内相关规范的相应通道。

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